Năm 2005, Đại đức Thích Minh Pháp tu học ở Trường Đại học quốc tế Mi-an-ma (quốc gia lấy Phật giáo là tôn giáo chính thống) về đây tu bổ, tôn tạo chùa Biện Sơn. Kiến trúc của ngôi chùa được xây dựng quy mô, hoành tráng nhưng vẫn giữ được nét cổ kính của một ngôi chùa “thuần Việt”. Các tượng Phật trong chùa Biện Sơn còn nguyên vẹn, từ dáng vẻ đến màu sơn, trong đó có một bộ tượng cổ rất quý hiếm. Đó là những bức tượng cao như người, nước sơn thiếp vẫn giữ vẻ thâm trầm như xưa. Chùa Biện Sơn gồm có nhà tổ, đông đường, tây đường, giảng đường, khách đường, hội trường… tạo thành một hệ thống “thánh đường Phật giáo” hoàn chỉnh, khang trang và tôn nghiêm. Tháng 10 năm 2009, tại chùa Biện Sơn khánh thành một Đại bảo tháp tuyệt đẹp.
Đại bảo tháp bằng đồng được đặt ngay trước cổng chùa đối diện với một giếng đá, nhìn kỹ giếng đá giống như một nghiên mực. Đại bảo tháp lung linh, huyền bí giữa không gian chùa chiền thâm nghiêm. Đại bảo tháp cao 7,7m, nặng 12 tấn, được đúc tại Xuân Trường (Nam Định) trong 500 ngày. Đây là tòa bảo tháp bằng đồng nguyên chất lớn nhất và lưu giữ nhiều xá lợi nhất Việt Nam hiện nay. Vẻ đẹp không chỉ hiện ra bên ngoài, bên trong Đại bảo tháp hiện chứa đựng 450 viên xá lợi của Đức Phật và các vị thánh tăng được Đại đức Thích Minh Pháp cung thỉnh từ chùa Wasaket ở Băng-cốc (Thái Lan) và Ngài TonDuk, Thượng sư người Tây Tạng (hiện là người nắm giữ và sưu tầm nhiều xá lợi nhất thế giới) khi về chùa Biện Sơn dự lễ khánh thành đã tặng lại cho chùa. Viên xá lợi của Đức Phật Thích ca Mâu Ni cùng với nhiều viên xá lợi của các vị Thánh tăng cũng được trưng bày tại Đại bảo tháp. Mỗi viên xá lợi có một hình dáng, kích thước, màu sắc khác nhau. Có những hạt trong suốt có thể nhìn xuyên; có những hạt trắng muốt; có những hạt lại nổi vân như một viên đá quý. Hành trình bái thỉnh xá lợi đã được tiến hành trong nhiều năm qua và đến nay, hàng trăm viên xá lợi quý giá đã được cất giữ vĩnh viễn trong Đại bảo tháp này.
Vào chùa Biện Sơn, các tăng ni, phật tử và du khách thập phương thêm một lần được tĩnh tại tâm hồn trước vẻ đẹp của đức Phật “từ bi hỷ xả” và càng thấu hiểu hơn ý nghĩa linh thiêng của những viên xá lợi trong Đại bảo tháp-một biểu trưng tu hành mang đậm tinh thần nhân văn cao cả của con người.
