Theo truyền thuyết, chùa Bảo Tháp được xây dựng từ thời Lý, vị sư tổ đầu tiên là Lý Thâm (một vị hoàng thân quốc thích). Đến thế kỷ 14, có một vị cao tăng họ Hồ (gọi là Hồ Bà Lam) đến tu tại chùa, đã bỏ tiền của ra tu bổ, mở rộng chùa và chiêu tập trẻ mồ côi cũng như những người thất cơ lỡ vận để cứu giúp nuôi dưỡng. Người đời tôn xưng ông làm Bồ Tát và đặt tên cho chùa là chùa “Bồ Tát”. Chùa cũng là nơi tu hành của một Hoàng thái hậu nhà Trần là Hồ Thuận Nương, hoàng hậu vua Trần Minh Tông (1314-1329).
Chùa Bảo Tháp là một quần thể kiến trúc khá rộng lớn, trải dài bên khu đất thoáng mát bên bờ sông Nhuệ.
Tam quan chùa là một tòa nhà ba gian, liền phía trước hai tường hồi là hai cột trụ trên đỉnh được trang trí hình con nghê. Qua tam quan vào sân chùa, trong có hai bảo tháp lớn hình bát giác ba tầng.
Qua sân đến nhà tiền đường, đầu hồi là hai cột trụ lớn trên đỉnh trụ đắp hình bốn chim phượng. Bờ nóc nhà tiền đường được trang trí lưỡng long chầu nguyệt, các góc mái trang trí hình con ly. Trên khung nhà tiền đường được trang trí cảnh Đường Tăng đi thỉnh kinh cùng ba đồ đệ. Sát tường hậu và tiền đường có xây bệ thờ đức Thánh Hiền và đức Chúa Ông.
Ở hai bên tiền đường đặt tượng thờ các vị Thập điện Diêm vương, La Hán, Hành Giả, Quan Âm Nam Hải và Quan Âm tọa sơn. Nằm hai bên đầu thượng điện một sân hẹp là nhà phương đình tám mái với bộ khung chạm khắc hình rồng mây, ly, quy, phượng là nơi thờ vị sư tổ Hồ Bà Lam.
Hậu cung được nối liền với tiền đường tạo thành một nội thất thống nhất. Giữa hậu cung là bệ thờ các đức Phật Tam Thế, A Di Đà, Thích Ca, Bồ Tát, các quan Nam Tào, Bắc Đẩu.
Ngoài các tượng Phật có giá trị nghệ thuật cuối thế kỷ 18, hiện nay chùa còn giữ lại được tấm bia “Bảo Tháp tự bi” ghi niên hiệu Quang Thái thứ 4 (năm 1391). Nội dung ghi: Đất chùa Bảo Tháp, đề ngày 15/3 năm Đinh Tỵ, niên hiệu Thiệu Bình thứ 4 (năm 1437), ghi thêm việc tiến cúng ruộng vào chùa này, có tín chủ họ Ngô là Ngô Thi Bảo cúng 14 mẫu cho chùa. Tấm bia này được cho là một trong những tấm bia có niên đại sớm nhất trong số các bia tại các di tích lịch sử-văn hóa ở Hà Nội.
Chùa hiện còn lưu giữ ba di vật quý từ thế kỷ 18, 19 gồm biển gỗ khắc bài ký viết vào niên hiệu Bảo Thái thứ 7 (năm 1726) nói về việc tu sửa chùa; quả chuông đồng đúc năm Gia Long 11 (năm 1813); chiếc khánh đồng đúc năm Thiệu Trị thứ 3 (năm 1843).
Chùa Bảo Tháp đến nay luôn là một di tích có kiến trúc và điêu khắc mang giá trị nghệ thuât tiêu biểu./.
