Năm 1185, Tamar, một người phụ nữ hoàng gia, đã lên ngôi tại Georgia, làm nên một trong những điều đáng nhớ nhất trong lịch sử quốc gia nhỏ bé này. Để kỷ niệm những năm cầm quyền của mình, nữ hoàng đã quyết định xây một khu nhà nguyện cho riêng mình. Mọi thứ đều suôn sẻ, trừ một cản trở lớn: những kẻ thù Mongols.
Vào thời đó, đế chế Mongols đã vươn bàn tay của mình đến những quốc gia nhỏ và Georgia rõ ràng nằm trong sự đe dọa đó. Để tránh sự phá hoại của giặc ngoại xâm, nữ hoàng quyết định xây chốn linh thiêng này trong đá núi.
Thị trấn Aspindza đã được lựa chọn làm địa điểm xây khu tu viện và công việc xây dựng được bí mật chuẩn bị dưới ngọn núi Erusheli. Năm đó, nữ hoàng mới 25 tuổi và việc xây dựng chỉ được bắt đầu 1 năm sau khi nàng lên ngôi. Và Vardzia dần hoàn thiện dọc theo triền núi.
Vardzia là công trình lớn nhất dành cho đạo Tin lành ở đất nước Georgia. 13 tầng tu viện được tạc vào vách đá thiên nhiên, chứa tới 6.000 chỗ cho các thầy tu. Cách duy nhất để đến được khu tu viện thời đó là qua một đường hầm bí mật được xây gần bờ sông Mtkvari.
Phía bên ngoài tu viện bí mật, vùng đất đồi núi khá màu mỡ và các thầy tu đã xây dựng tại đó một hệ thống vườn tược tưới tiêu để tự cung tự cấp.
Người dân Georgia đã chống được giặc ngoại xâm Mongols. Nhưng họ bất lực trước thiên nhiên. 100 năm sau đó, vào năm 1283, một trận động đất kinh thiên động địa đã phá hủy đất nước, làm sập rất nhiều khu trong hệ thống hang động của tu viện và một mặt của tu viện đã bị phá hủy hoàn toàn.
Người dân Georgia đồn đại nhau, đó chính là đòn trừng phạt của Chúa trời trước thói kiêu ngạo của người Georgia sau chiến thắng trước người Mongols. Không chỉ tu viện cổ mà cả hai phần ba thành phố đều bị san bằng bình địa.
Phần còn lại của tu viện tiếp tục trở thành nơi hoạt động của các thầy tu cho tới năm 1551, khi những người Ba Tư đến xâm chiếm và thảm sát các thầy tu. Từ đó, Vardzia gần như bị bỏ hoang.
